Die genaue Herkunft des Käsefondues ist unklar. Sowohl die Schweiz als auch Savoyen in Frankreich erheben den Anspruch auf den Ursprung des Fondues. Der Legende nach hatte ein armer Hirte in den Schweizer Bergen genug von seiner eintönigen Nahrung aus Brot und Käse und kam auf die Idee, den Käse zu kochen. Damit war das weit über die Schweizer Landesgrenze hinaus bekannte und beliebte Käsefondue geboren.
Doch vielleicht solle man noch etwas weiter zurückgehen in der Geschichte. So wird in Homers «Ilias» bereits ein Gericht beschrieben, das aus geriebenem Ziegenkäse, Mehl und Wein bestand und über dem Feuer geschmolzen wurde.